Curso Bioinformática 2024

El Laboratorio nacional de supercomputación NLHPC participó en la realización del curso de Bioinformática, realizado entre la Facultad de Medicina y la Facultad de Ingeniería de la Universidad de Chile, con el objetivo de mostrar el uso de HPC para usos científicos.

Esta charla se dividió en dos bloques durante el día 26 de Octubre del 2024.

Los contenidos revisados fueron:

Primer Bloque:

• Recursos de cómputo disponible en el cluster
  • Hardware disponible
  • Tiempos de ejecución
  • Almacenamiento disponible
• Como acceder al cluster
  • Uso de SSH
  • Llaves SSH
• Copiar archivos
  • Uso de comandos scp y rsync
  • Clonación de repositorios GIT
• SLURM – qué es y cómo utilizarlo
  • Comandos básicos
  • Uso interactivo
  • Parámetros disponibles
  • Uso de scripts
• Acceso a módulos de software con LMOD
  • Ver módulos cargados
  • Buscar módulos de software
  • Cargar módulos de software
• Monitoreo de tareas y asignación de recursos
  • Uso de HTOP
  • Correcta asignación de memoria RAM
  • Vista general del cluster – Dashboard
• Obtención de ayuda
  • Documentación disponible
  • Generador de Scripts
  • Tickets de trabajo

Segundo Bloque:

• Resumen uso de SLURM
  • Uso de srun
  • Uso de sbatch
• Tareas con dependencias
  • Parámetros
  • Estados de tareas
• Arreglos de tareas
  • Parámetros
  • Variables de entorno
• Computación Paralela
  • Computación Secuencial
  • Memoria Compartida OpenMP
  • Memoria Distribuida MPI
  • Tareas Híbridas
• Uso del Generador de Scripts
• Subutilización y Sobreutilización

Más información relacionado a este curso en: https://cimt.uchile.cl/mim/

A este curso asistieron 5 alumnos.